En su ámbito territorial, el PEAH trabajo en 13 micro cuencas, estando en cada una de ellas un profesional responsable con el cargo de Agente de Desarrollo Integral respaldado por un equipo de profesionales interdisciplinarios para actuar como soporte en las diferentes actividades implementadas, quien a su vez tenia como misión articular la participación de las diferentes sectores Educación, salud, Agricultura, gobiernos locales, gobiernos regionales, ONGs, entre otras.) Comprometidos en el proceso de desarrollo de la región.
Hemos escogido la MICROCUENCA como unidad espacial para generar acciones de desarrollo en el Alto Huallaga, porque consideramos a este ámbito no sólo como área de localización de las actividades productivas, sino también y sobre todo un espacio en el cual se realizan las manifestaciones concretas de actividades sociales y económicas, es decir, un espacio donde se desarrollan las relaciones entre clases y entre sistemas de producción. El análisis regional se sustenta en un enfoque económico espacial de la realidad nacional, puesto que una región actúa dentro de la estructura nacional como un componente más, como una parte. Ninguna región produce todo lo que necesitan sus habitantes, de allí que los flujos de intercambio entre la región y el exterior representen una necesidad imperativa y vital. La región, es una economía abierta sin frontera estatal, ni barrera aduanera, ni control de cambio, mientras actúa como unidad económica complementaria o competitiva con respecto a los demás espacios del conjunto nacional.
La micro cuenca; representa un espacio más reducido que una micro región, y puede definirse como una unidad sociegeográfica producto de una formación histórica particular de articulaciones socioeconómicas, tanto internas como externas, de una determinada complejidad resultante de la acción diferencial de distintos agentes sociales ligados también a actividades de diversa índole y racionalidad, pero en donde predominan los sistemas de producción agrícolas a través de formas de organización social para la producción básicamente campesinas (micro cuencas del Alto Huallaga).
Nuestra estrategia de desarrollo, parte entonces, tomando como punto inicial de campo de acción a las Micro cuencas como unidad espacial representativa para generar una propuesta de desarrollo integral rural sostenible en la amazonia andina.
El, Agente de Desarrollo integral era el enlace entre los beneficiarios y el PEAH, encargado de acopiar la información de las necesidades comunales, y de los pobladores rurales , apoyar la gestión de las autoridades locales para la búsqueda de la solución de sus diferentes problemas.